EMN startades 2003 som ett pilotprojekt med syfte att utveckla ett europeiskt informationsutbytessystem kring asyl, migration och ursprungsländer. I maj 2008 fattade Europeiska unionens råd beslut om att inrätta EMN som en permanent expertgrupp till Europeiska kommissionen.
Europeiska kommissionen koordinerar EMN som utöver kommissionen består av nationella kontaktpunkter i EMN:s medlems- (EU-medlemsstaterna med undantag för Danmark) och observatörsländer (Norge, Georgien, Moldavien, Ukraina, Montenegro, Armenien, Serbien och Nordmakedonien). En extern tjänsteverantör (ICF) stöder arbetet.
EMN:s styrelse ger politisk vägledning till arbetet. Kommissionen är ordförande i styrelsen, som annars består av en ledamot från varje medlemsland och en observatör från Europaparlamentet.